Koń żuje karmę dokładnie za pomocą górnych i dolnych zębów trzonowych, na zmianę raz w lewą raz w prawą stronę. Żucie jedną stroną może trwać nawet do 40 minut.
W ciągu 24 godzin gruczoły ślinowe konia wytwarzają do 40 litrów śliny o odczynie zasadowym. Dzięki czemu w przełykowej części żołądka pH  jest zasadowe, co jest konieczne do przebiegu reakcji enzymatycznych.

W bezgruczołowej części żołądka pokarm pęcznieje oraz ulega zwilżeniu i rozmiękczeniu. Mają miejsce również procesy bakteryjne. Ze względu na to że żołądek konia jest mały, w fizjologicznych warunkach treść ulega szybkiemu przemieszczeniu się do dalszych odcinków przewodu pokarmowego. Wszelkie zaburzenia w procesach czynnościowych powodują nadmierne nagromadzenie się karmy, a bakterie powodują nagromadzenie się dużych ilości gazów, co wpływa na znaczne powiększenie się pojemności żołądka. Wymioty u konia są utrudnione, ponieważ przełyk treści pokarmowej powoduje kurczowe zamknięcie się mięśni zwieracza żołądka.

W części gruczołowej żołądka jest wydzielany sok żołądkowy w ilości 30 litrów w ciągu doby. Wartość pH soku żołądkowego wynosi  1,0- 1,5, co odpowiada 0,24% stężeniu HCL. Intensywniejsze wydzielanie soku żołądkowego następuje podczas pobierania karmy   i jest regulowane drogą  odruchową. Stwierdzono, iż odruchowo-warunkowe wydzielanie soku następuje stale w tych samych godzinach, w których koń otrzymuje pokarm.

Także pewne rodzaje karmy mają wpływ na wydzielanie soku żołądkowego. Zwiększoną wydzielniczość stwierdzono przy podawaniu otrąb, średnią przy owsie, a najwyższą przy sianie.

Przyjmowany pokarm układa się warstwami a jego mieszanie nie jest zupełne. Woda wypita nawet w dużej ilości nie rozmiękczy treści pokarmowej ponieważ szybko przechodzi do dwunastnicy. Przesuwanie karmy z żołądka do dwunastnicy następuje już po 7-9 minutach od rozpoczęcia jedzenia, przy owsie 4-4,5 godziny, trawienie odbywa się w czasie 6-12 godzin.

Węglowodany są rozkładane przez enzymy amylolityczne i bakteryjne w części przełykowej  i wewnętrznych warstwach części gruczołowej żołądka do glukozy i kwasu mlekowego. Słabe ruchy żołądka są powodem tego, że kwaśny sok żołądkowy wolno przenika przez treść, a zasadowa ślina utrzymuje optymalne środowisko dla bakterii i enzymów.

Trawienie u koni odbywa się w jelicie cienkim. Konie nie mają pęcherzyka żółciowego jego funkcje spełniają silnie rozwinięte przewody żółciowe. Błonnik, który nie jest strawiony w jelicie cienkim jest przesuwany do jelita ślepego.
Trawienie w jelicie ślepym jest bardzo ważnym procesem w organizmie konia. Odbywa się ono dzięki obecności enzymów pochodzących z jelita cienkiego a także swoistej mikroflory.

W jelicie grubym jest słabsza perystaltyka niż w innych odcinkach a odczyn treści jest zasadowy. Karma przebywa tam dość długo bo, aż do 72 godzin. Mikroflora w tych odcinkach przyczynia się do ostatecznego rozkładu białek, tłuszczów i węglowodanów, głównie także błonnika. W czasie procesów fermentacyjnych wytwarzają się lotne kwasy tłuszczowe, Co2, metan i wodór. utrzymany optymalny odczyn pH dla mikroflory.

W jelicie ślepym i okrężnicy dużej równocześnie z ruchami perystaltycznymi powstają fizjologiczne ruchy antyperystaltyczne, powoduje to lepsze wymieszanie pokarmu
W okrężnicy małej odczyn staje się kwaśny i ustają procesy rozkładu. Treść ulega ostatecznemu odwodnieniu – formuje się kał.
Gruczoły jelitowe w jelicie ślepym i okrężnicy dużej wydzielają zasadowy śluz zobojętniający kwasy tłuszczowe.